O Programa de Pós-graduação em Medicina Veterinária (PPGMV) foi criado em 2005 e recebeu reconhecimento pela Capes no mesmo ano. Iniciou suas atividades em nível de Mestrado em março de 2006, com o ingresso da primeira turma, constituída de 18 alunos. Como um curso novo, o PPGMV busca preencher uma lacuna não contemplada pelos cursos de pós-graduação da UFRRJ e região sudeste.

É proposta do programa, integrar as áreas clínicas (medicina e cirurgia) com as básicas, e desta maneira suprir as carências de qualificação profissional, com ênfase, pelas características de seu corpo docente em fisiopatologia das doenças dos animais.

Em 2011 o PPGMV passou a atuar também em nível de Doutorado. Atualmente o PPGMV possui nota 5 na Capes.